建设之初计划实验室用于基础研究的用房面积约为3000平方米。建设期间首都医科大学新科研大楼落成，提供本重点实验室的专用实验室，首都医科大学附属北京安贞医院新增门诊楼地下3层（400平方米）作为临床样本资源库，通过对实验室的整合及改扩建，目前重点实验室用房面积扩展达到4300平方米，主要包括以安贞医院和北京市心肺血管疾病研究所为主体的实验中心及实验室1800平方米，首都医科大学校本部基础科研大楼900平方米，重点实验室动物房500平方米，评估大动物中心300平方米；临床样本资源库及基因诊断平台1600平方米。目前各个平台实验室包括分子生物学实验室、病理学实验室、细胞分析实验室、解剖学实验室、生化实验室及实验动物室等基础实验室仍在进一步的改扩建过程中。